В Омской области в разные годы возникали вспышки массового размножения различных вредителей мышевидных грызунов и болезней растений. По значимости такие вспышки массового размножения вредителей приравнивали к стихийным бедствиям. Из документов видно, что особенно тяжелыми были 1891, 1910, 1911 годы. Когда налетевшая саранча полностью уничтожила посевы и никакой борьбы с ней не велось. Проблема истребления вредных объектов была очень острой. В 1911 году начал этим вопросом заниматься созданный в городе Омске штаб по борьбе с саранчовыми, агрономического отделения Сибирского казачьего войска. Были разработаны рекомендации казачеству и крестьянству, но нехватка оборудования, химических средств и финансов не позволили создать службу в те годы на должном уровне. И только в послевоенное время стало возможным приступить к плановой защите растений.
В 1956 году при областном управлении сельского хозяйства создан сектор учета и прогнозов появления и распространения вредителей и болезней. В связи с этим, в районах массового размножения вредителей организовывались наблюдательные пункты, которые вели наблюдения за распространением вредителей, выявлением видового состава, фазами развития. Сектор учета и прогнозов просуществовал до 1961 года.
Параллельно сектору учета и прогнозов в марте 1958 года в целях организации борьбы с вредителями была создана Омская экспедиция. Экспедиция подчинялась Омскому областному управлению сельского хозяйства.
Созданный в декабре 1959 года, приказом по Министерству сельского хозяйства СССР за № 474 «О службе учета и прогноза появления и распространения вредителей и болезней растений», в 1961 году сектор учета и прогнозов, а также наблюдательные пункты из ведения областного управления сельского хозяйства были переведены в ведение экспедиции. А в связи с дальнейшей реорганизацией в области территориальных управлений по производству и заготовкам сельхозпродуктов вместо 6 было создано 9 производственных участков, которые располагались в наиболее типичных для вредных объектов районах и 3 наблюдательных пункта (Называевский, Омский, Черлакский).
С 1962 года экспедиция подчинялась Управлению по защите растений Министерства производства и заготовок сельскохозяйственных продуктов РСФСР. На основании Постановления Совета Министров РСФСР от 05.06.1961г. № 969 в целях улучшения дела защиты растений экспедиция с 30 января 1963 года была преобразована в Омскую областную станцию защиты растений (Обл.СТАЗР). В составе станции было организовано 17 отрядов, которые размещались при районных производственных управлениях. Количество отрядов по борьбе с вредителями постоянно увеличивалось: от 20 в 1964 году до 31 в 1966 году, т.е. по одному на каждый сельский район и 8 наблюдательных пунктов.
9 июля 1970 года выходит Постановление Совета Министров РСФСР за № 416 «Об утверждении структуры государственной службы защиты растений» и во исполнение, которого сектор учета и прогноза переименовывают в лабораторию диагностики и прогнозов, обеспечивающую методическое руководство пунктами наблюдения, сигнализации и прогнозов.
В связи с выходом Закона «О государственных предприятиях» с 1990 года Обл. СТАЗР становится самостоятельной организацией, подчиняющейся Главному управлению химизации и защиты растений (Главхимзащите) Минсельхозпрода России.
В соответствии с Положением о Министерстве сельского хозяйства и продовольствия РФ, утвержденным Постановлением Правительства РФ от 12.08.1994 г. № 920 и Положением о Департаменте химизации и защиты растений, утвержденным Минсельхозпродом России 7 августа 1996г. Омская Обл СТАЗР находится в подчинении Департамента химизации и защиты растений МСХ и продовольствия РФ.
В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 24 октября 1997 года за № 1355 14 мая 1998 года был утвержден Устав Областной станции защиты растений. На основании Устава станция принимает государственный статус – становится Государственным учреждением «Омская областная станция защиты растений» (ГУ «Омская областная станция защиты растений»).
В соответствии с Постановлением Правительства РФ № 962 от 17.08.1998 г. «О департаментах Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации» организован Департамент растениеводства, химизации и защиты растений, в подчинение которого переходит Омская областная станция защиты растений.
31.08.2000 г. в связи с упразднением Департамента растениеводства, химизации и защиты растений станция по Распоряжению Минсельхоза России за № 36-02-03/211 Областная станция переходит в подчинение Управления химизации и защиты растений Минсельхоза России.
Приказом Министерства сельского хозяйства РФ от 27 апреля 2001 года № 433 «О федеральном государственном учреждении «Федеральная государственная территориальная станция защиты растений в омской области» переименовано в федеральное государственное учреждение «Федеральная государственная территориальная станция защиты растений в Омской области».
Постановлением Правительства РФ от 08 декабря 2004 года № 754 «О мерах по обеспечению деятельности Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору» Учреждение передано в ведение Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору.
Приказом Россельхознадзора от14 февраля 2006 года № 33 «О ФГУ «Федеральная государственная территориальная станция защиты растений в Омской области» переименовано в федеральное государственное учреждение «Омский референтный центр Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору».
Переименования учреждения: